Hoàn thuế doanh nghiệp năm 2025 mang lại cơ hội tối ưu dòng tiền nhưng cũng tiềm ẩn nhiều rủi ro nếu không nắm vững quy định. Nắm bắt đúng và đủ các quy định về hoàn thuế không chỉ giúp doanh nghiệp nhận lại khoản tiền đã nộp vào ngân sách nhà nước một cách hợp pháp mà còn là nền tảng cho sự minh bạch tài chính. Bài viết này sẽ phân tích chi tiết các trường hợp doanh nghiệp được hoàn thuế GTGT, TNDN, điều kiện, hồ sơ cần chuẩn bị và quy trình thực hiện từ A-Z theo các quy định mới nhất, giúp doanh nghiệp tránh các sai sót không đáng có và tối đa hóa lợi ích tài chính của mình.
Doanh nghiệp được hoàn thuế trong trường hợp nào? Cập nhật mới nhất 2025
Theo quy định của pháp luật thuế hiện hành, có nhiều trường hợp doanh nghiệp được hoàn lại số thuế đã nộp. Việc hoàn thuế doanh nghiệp chủ yếu tập trung vào hai loại thuế chính là thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN).
Hoàn thuế Giá trị gia tăng (GTGT)
Hoàn thuế GTGT là việc ngân sách nhà nước trả lại cho doanh nghiệp số thuế GTGT đầu vào đã nộp nhưng chưa được khấu trừ hết. Theo Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn, các trường hợp được hoàn thuế GTGT phổ biến bao gồm:
- Doanh nghiệp có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu: Các doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trong tháng/quý có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên sẽ được xem xét hoàn thuế. Đây là chính sách quan trọng nhằm khuyến khích hoạt động xuất khẩu, tăng năng lực cạnh tranh cho hàng hóa Việt Nam.
- Doanh nghiệp có dự án đầu tư mới: Doanh nghiệp đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ dự án từ 300 triệu đồng trở lên mà chưa được khấu trừ sẽ được hoàn thuế. Điều này giúp giảm bớt gánh nặng tài chính cho doanh nghiệp trong giai đoạn đầu.
- Chương trình, dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại: Các tổ chức tại Việt Nam sử dụng vốn ODA không hoàn lại để mua hàng hóa, dịch vụ phục vụ dự án sẽ được hoàn lại số thuế GTGT đã trả.
- Doanh nghiệp nộp thuế theo phương pháp khấu trừ khi chuyển đổi sở hữu, giải thể, phá sản: Khi doanh nghiệp chấm dứt hoạt động và có số thuế GTGT nộp thừa hoặc số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết sẽ được hoàn lại.
Hoàn thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN)
Hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp xảy ra khi số thuế TNDN doanh nghiệp đã tạm nộp trong năm lớn hơn số thuế phải nộp theo quyết toán năm. Đây là trường hợp phổ biến, đặc biệt với các doanh nghiệp có kết quả kinh doanh biến động. Việc hoàn thuế TNDN nộp thừa giúp doanh nghiệp cân đối lại dòng tiền sau một năm tài chính.
Các trường hợp đặc biệt khác
Ngoài hai trường hợp chính trên, doanh nghiệp còn có thể được hoàn thuế trong một số tình huống đặc thù như:
- Hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần: Áp dụng cho các doanh nghiệp FDI hoặc doanh nghiệp có giao dịch quốc tế.
- Đối tượng hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao: Các cơ quan đại diện ngoại giao, cơ quan lãnh sự mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam được hoàn thuế GTGT.
- Giải thể, chấm dứt hoạt động: Doanh nghiệp khi làm thủ tục giải thể, nếu có số thuế nộp thừa sẽ được hoàn trả sau khi đã thanh toán hết các nghĩa vụ khác.
Điều kiện và bộ hồ sơ hoàn thuế chuẩn xác nhất 2025
Để quy trình hoàn thuế doanh nghiệp diễn ra suôn sẻ, việc đáp ứng đủ điều kiện và chuẩn bị một bộ hồ sơ đầy đủ, chính xác là yếu tố tiên quyết.
Điều kiện chung áp dụng cho mọi trường hợp hoàn thuế
Bất kể thuộc trường hợp hoàn thuế nào, doanh nghiệp đều cần đáp ứng các điều kiện cơ bản sau:
- Đã đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ.
- Có con dấu pháp nhân theo quy định.
- Lập và lưu giữ sổ sách kế toán, chứng từ đầy đủ theo quy định của pháp luật về kế toán.
- Có tài khoản ngân hàng được đăng ký theo mã số thuế của doanh nghiệp.
Hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT chi tiết (Mẫu 01/ĐNHT và các chứng từ kèm theo)
Một bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT đầy đủ theo quy định tại Thông tư 80/2021/TT-BTC là yêu cầu bắt buộc.
- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước: Sử dụng Mẫu 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC. Đây là văn bản cốt lõi, thể hiện yêu cầu hoàn thuế của doanh nghiệp.
- Các tài liệu kèm theo tùy trường hợp:
- Đối với hoàn thuế GTGT hàng xuất khẩu: Cần có Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào (Mẫu 01-1/HT), hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
- Đối với hoàn thuế GTGT dự án đầu tư: Cần bản sao Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, giấy phép xây dựng, chứng từ góp vốn điều lệ, bảng kê hóa đơn, chứng từ mua vào.
Hồ sơ đề nghị hoàn thuế TNDN (áp dụng khi nộp thừa)
Đối với trường hợp hoàn thuế TNDN do nộp thừa, hồ sơ đơn giản hơn, chủ yếu dựa trên kết quả quyết toán thuế của doanh nghiệp.
- Văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế nộp thừa: Sử dụng mẫu số 01/DNXLNT theo Thông tư 80/2021/TT-BTC.
- Tờ khai quyết toán thuế TNDN năm: Thể hiện số thuế đã tạm nộp và số thuế phải nộp, làm căn cứ xác định số tiền nộp thừa.
- Các tài liệu giải trình (nếu có): Trong trường hợp cơ quan thuế yêu cầu giải trình thêm.
Quy trình và thủ tục hoàn thuế từ A-Z cho doanh nghiệp
Việc nắm rõ quy trình giúp doanh nghiệp chủ động theo dõi và đẩy nhanh tiến độ xử lý hồ sơ. Hiện nay, hầu hết các thủ tục đều được thực hiện qua mạng, mang lại sự tiện lợi và minh bạch.
Bước 1: Chuẩn bị và nộp hồ sơ hoàn thuế qua mạng
Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ bộ hồ sơ như đã nêu ở trên. Sau đó, tiến hành kê khai và gửi Giấy đề nghị hoàn thuế (Mẫu 01/ĐNHT) cùng các tài liệu đính kèm qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Việc nộp hồ sơ hoàn thuế qua mạng giúp tiết kiệm thời gian và dễ dàng theo dõi trạng thái xử lý.
Bước 2: Cơ quan thuế tiếp nhận và xử lý hồ sơ
Sau khi nhận được hồ sơ, cơ quan thuế sẽ gửi thông báo điện tử xác nhận đã tiếp nhận.
- Nếu hồ sơ hợp lệ, cơ quan thuế sẽ ra Thông báo chấp nhận hồ sơ (Mẫu 02/TB-HT).
- Nếu hồ sơ thiếu sót, cơ quan thuế sẽ ra Thông báo yêu cầu bổ sung (Mẫu 03/TB-HT) trong vòng 03 ngày làm việc.
Bước 3: Phân loại hồ sơ: Hoàn thuế trước, kiểm tra sau và Kiểm tra trước, hoàn thuế sau
Cơ quan thuế sẽ phân loại hồ sơ dựa trên mức độ rủi ro:
- Hoàn thuế trước, kiểm tra sau: Áp dụng cho các doanh nghiệp chấp hành tốt pháp luật thuế, không có dấu hiệu rủi ro. Thời hạn giải quyết hoàn thuế là 06 ngày làm việc kể từ ngày có thông báo chấp nhận hồ sơ.
- Kiểm tra trước, hoàn thuế sau: Áp dụng cho doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế lần đầu, doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro cao về thuế, hoặc doanh nghiệp bị xử lý về hành vi trốn thuế trong vòng 2 năm. Thời hạn giải quyết là 40 ngày làm việc.
Bước 4: Nhận quyết định hoàn thuế và tiền hoàn thuế
Khi hồ sơ được duyệt, cơ quan thuế sẽ ban hành Quyết định hoàn thuế (Mẫu 01/QĐHT) và chuyển tiền vào tài khoản đã đăng ký của doanh nghiệp. Doanh nghiệp cần kiểm tra tài khoản để xác nhận đã nhận đủ số tiền được hoàn.
Những rủi ro và lưu ý “vàng” để tránh bị từ chối hoặc xử phạt
Quy trình hoàn thuế doanh nghiệp tuy đã được quy định rõ ràng nhưng vẫn tiềm ẩn nhiều rủi ro nếu kế toán và ban lãnh đạo không cẩn trọng.
Các lỗi sai thường gặp khi kê khai hồ sơ hoàn thuế
Tại Luật Dân Việt, chúng tôi nhận thấy các doanh nghiệp thường mắc phải một số lỗi phổ biến sau:
- Kê khai sai thông tin: Sai mã số thuế, tên công ty, số tài khoản ngân hàng.
- Thiếu chứng từ gốc: Hóa đơn GTGT đầu vào không hợp lệ, thiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho các hóa đơn trên 20 triệu đồng.
- Hạch toán sai: Không hạch toán riêng được thuế GTGT đầu vào dùng cho hàng xuất khẩu và hàng tiêu thụ nội địa.
- Nộp hồ sơ trễ hạn: Gây chậm trễ trong việc nhận lại dòng tiền.
Rủi ro pháp lý đối với doanh nghiệp FDI và doanh nghiệp xuất khẩu
Đối với doanh nghiệp FDI và doanh nghiệp xuất khẩu, rủi ro càng cao hơn do tính phức tạp của các giao dịch.
- Điều kiện về vốn điều lệ: Dự án đầu tư không góp đủ vốn điều lệ như đăng ký có thể không được hoàn thuế.
- Hàng hóa nhập khẩu rồi xuất khẩu: Theo quy định mới, trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu mà không qua sản xuất, gia công tại Việt Nam sẽ không được hoàn thuế GTGT.
- Chứng từ thanh toán quốc tế: Phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy định của ngân hàng nhà nước.
Quy trình kiểm tra sau hoàn thuế và những điều kế toán trưởng cần biết
Đối với các hồ sơ thuộc diện “hoàn thuế trước”, cơ quan thuế sẽ tiến hành quy trình kiểm tra sau hoàn thuế trong thời hạn 5 năm kể từ ngày ra quyết định hoàn. Kế toán trưởng và giám đốc tài chính cần lưu ý:
- Lưu trữ hồ sơ đầy đủ: Toàn bộ chứng từ, sổ sách liên quan đến kỳ hoàn thuế phải được lưu trữ cẩn thận để phục vụ công tác thanh tra, kiểm tra.
- Giải trình hợp lý: Sẵn sàng giải trình mọi số liệu khi cơ quan thuế yêu cầu. Bất kỳ sai sót nào bị phát hiện có thể dẫn đến việc truy thu thuế và phạt vi phạm hành chính.
- Trách nhiệm của người đại diện pháp luật: Người đại diện pháp luật phải chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực của hồ sơ hoàn thuế.
Việc nắm rõ các trường hợp được hoàn thuế, chuẩn bị một bộ hồ sơ đầy đủ và tuân thủ đúng quy trình là chìa khóa để quá trình hoàn thuế doanh nghiệp 2025 diễn ra thuận lợi. Điều này không chỉ giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền lợi chính đáng, tối ưu hóa dòng tiền mà còn thể hiện sự tuân thủ pháp luật, xây dựng uy tín và nền tảng tài chính vững chắc để phát triển bền vững.
Bạn vẫn còn thắc mắc về thủ tục hoàn thuế cho trường hợp đặc thù của doanh nghiệp mình? Hãy liên hệ ngay với đội ngũ chuyên gia của Luật Dân Việt để được tư vấn và hỗ trợ toàn diện, đảm bảo quá trình hoàn thuế nhanh chóng và hiệu quả nhất!
Thông tin liên hệ Luật Dân Việt – Tư vấn pháp lý hàng đầu Việt Nam:
- Hà Nội:
- 219 Trung Kính, Yên Hoà, Hà Nội
- Toà HH2, FLC Garden City, Đại Mỗ, Hà Nội
- Email: tuvanluatdanviet@gmail.com
- Hotline: 0858.111.929
Luật Dân Việt – Đại diện làm việc với cơ quan thuế, xử lý hoàn thuế doanh nghiệp hiệu quả.
