Hướng dẫn khai thuế GTGT phương pháp khấu trừ dự án đầu tư được hoàn thuế

Nội dung chính

Bạn đang triển khai dự án đầu tư và có số thuế GTGT đầu vào lớn chưa được khấu trừ? Bài viết này sẽ là kim chỉ nam, cung cấp hướng dẫn chi tiết về cách khai thuế giá trị gia tăng đối với phương pháp khấu trừ thuế đối với dự án đầu tư thuộc diện được hoàn thuế để được hoàn lại tiền nhanh chóng. Trọng tâm là khi số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết của dự án từ 300 triệu đồng trở lên, bạn hoàn toàn có thể yêu cầu hoàn lại khoản thuế này, giúp tối ưu dòng tiền hiệu quả cho doanh nghiệp.

Việc nắm vững các quy định pháp luật không chỉ giúp doanh nghiệp tận dụng quyền lợi chính đáng mà còn tránh được những sai sót không đáng có, đẩy nhanh tiến độ dự án. Tại Luật Dân Việt, chúng tôi đã đồng hành cùng nhiều doanh nghiệp trong quá trình này và nhận thấy rằng sự chuẩn bị kỹ lưỡng là chìa khóa thành công.

Điều kiện tiên quyết để được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Để được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, doanh nghiệp cần đáp ứng đồng thời nhiều điều kiện khắt khe theo quy định của pháp luật, đặc biệt là các quy định tại Thông tư 130/2016/TT-BTC, Nghị định 49/2022/NĐ-CP và Thông tư 80/2021/TT-BTC. Đây là bước sàng lọc đầu tiên và quan trọng nhất quyết định hồ sơ của bạn có được tiếp nhận hay không.

Đối tượng nào được áp dụng hoàn thuế?

Đối tượng được xem xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư là các cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ và có dự án đầu tư mới. Điều này áp dụng cho cả hai trường hợp:

Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư: Đã đăng ký kinh doanh và đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ.
Doanh nghiệp đang hoạt động có dự án đầu tư mới: Dự án này có thể cùng tỉnh hoặc khác tỉnh với nơi đặt trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư và chưa đi vào hoạt động.

Dự án đầu tư được xem xét phải tuân thủ theo quy định của Luật Đầu tư, bao gồm cả các dự án được chia thành nhiều giai đoạn.

Yêu cầu về số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết

Đây là điều kiện cốt lõi để khởi động quy trình hoàn thuế. Cụ thể, số thuế GTGT đầu vào lũy kế của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho dự án đầu tư phải chưa được khấu trừ hết và có giá trị từ 300 triệu đồng trở lên.

Lưu ý rằng, doanh nghiệp phải thực hiện kê khai riêng thuế GTGT cho dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang diễn ra (nếu có). Sau khi bù trừ, nếu số thuế đầu vào còn lại của dự án vẫn từ 300 triệu đồng thì mới đủ điều kiện đề nghị hoàn thuế.

Các quy định về vốn điều lệ và ngành nghề kinh doanh có điều kiện

Pháp luật cũng quy định chặt chẽ về năng lực tài chính và pháp lý của chủ đầu tư. Doanh nghiệp sẽ không được hoàn thuế mà phải kết chuyển số thuế chưa khấu trừ sang kỳ tiếp theo nếu thuộc một trong các trường hợp sau:

Không góp đủ vốn điều lệ đã đăng ký: Tính đến thời điểm nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế, nếu doanh nghiệp chưa góp đủ vốn theo tiến độ quy định, hồ sơ sẽ bị từ chối.
Kinh doanh ngành nghề có điều kiện nhưng chưa đủ điều kiện: Nếu dự án thuộc ngành nghề kinh doanh có điều kiện (như xây dựng, y tế, giáo dục) nhưng chưa có giấy phép hoặc không duy trì đủ điều kiện trong quá trình hoạt động, doanh nghiệp sẽ không được hoàn thuế.

Hướng dẫn chi tiết quy trình và thủ tục kê khai hoàn thuế

Quy trình hoàn thuế GTGT dự án đầu tư đòi hỏi sự chính xác và tuân thủ nghiêm ngặt từng bước. Với kinh nghiệm hỗ trợ nhiều khách hàng, chúng tôi tại Luật Dân Việt đã tổng kết quy trình 4 bước tinh gọn giúp doanh nghiệp dễ dàng thực hiện.

Bước 1: Kê khai riêng và bù trừ thuế GTGT của dự án đầu tư

Doanh nghiệp phải tổ chức hạch toán kế toán riêng cho dự án đầu tư để có cơ sở kê khai thuế. Toàn bộ hóa đơn, chứng từ đầu vào của dự án được tập hợp và kê khai trên Tờ khai thuế GTGT mẫu 02/GTGT ban hành kèm Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Nếu doanh nghiệp có hoạt động kinh doanh khác đang phát sinh thuế GTGT phải nộp (trên tờ khai 01/GTGT), phải ưu tiên thực hiện bù trừ. Số thuế GTGT đầu vào trên tờ khai 02/GTGT sẽ được dùng để bù trừ với số thuế phải nộp trên tờ khai 01/GTGT. Số còn lại sau khi bù trừ (từ 300 triệu đồng trở lên) mới được đề nghị hoàn.

Bước 2: Chuẩn bị bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế đầy đủ

Hồ sơ là bằng chứng pháp lý quan trọng nhất. Một bộ hồ sơ đầy đủ và chính xác theo quy định tại Điều 28 Thông tư 80/2021/TT-BTC là yếu tố quyết định đến 90% thành công.

Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo Mẫu số 01/HT.
Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư (Mẫu 02/GTGT) của kỳ đề nghị hoàn.
Bản sao các giấy tờ pháp lý của dự án:
- Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc văn bản tương đương.
- Giấy phép xây dựng (đối với dự án có công trình xây dựng).
- Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyết định giao đất hoặc hợp đồng thuê đất.
Bản sao chứng từ góp vốn điều lệ tính đến thời điểm đề nghị hoàn thuế.
Bản sao giấy phép kinh doanh ngành nghề có điều kiện (nếu có).
Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào (Mẫu 01-1/HT), trừ trường hợp doanh nghiệp đã gửi dữ liệu hóa đơn điện tử đến cơ quan thuế.

Bước 3: Nộp hồ sơ tại cơ quan thuế có thẩm quyền

Việc xác định đúng cơ quan thuế để nộp hồ sơ rất quan trọng để tránh bị trả lại hồ sơ.

Trường hợp dự án cùng tỉnh với trụ sở chính: Nộp hồ sơ tại Cục Thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp.
Trường hợp dự án khác tỉnh với trụ sở chính: Nộp hồ sơ tại Cục Thuế nơi có dự án đầu tư. Doanh nghiệp có thể nộp trực tiếp hoặc thông qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Bước 4: Quy trình xử lý và thời gian nhận tiền hoàn thuế

Sau khi tiếp nhận hồ sơ hợp lệ, cơ quan thuế sẽ tiến hành phân loại và xử lý.

Phân loại hồ sơ: Hồ sơ được chia thành hai loại: “hoàn thuế trước, kiểm tra sau” (đối với doanh nghiệp có lịch sử tuân thủ tốt) và “kiểm tra trước, hoàn thuế sau” (đối với các trường hợp rủi ro cao hoặc hoàn thuế lần đầu).
Thời gian giải quyết:
- Đối với hồ sơ “hoàn trước”: Chậm nhất là 06 ngày làm việc kể từ ngày có thông báo chấp nhận hồ sơ.
- Đối với hồ sơ “kiểm tra trước”: Chậm nhất là 40 ngày làm việc kể từ ngày có thông báo chấp nhận hồ sơ.

Cơ quan thuế sẽ ra quyết định hoàn thuế và chuyển tiền vào tài khoản ngân hàng mà doanh nghiệp đã đăng ký.

Trọn bộ hồ sơ cần chuẩn bị và cách điền tờ khai 02/GTGT

Để quá trình diễn ra suôn sẻ, việc chuẩn bị kỹ lưỡng từng loại giấy tờ và điền chính xác tờ khai là không thể bỏ qua.

Danh mục hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT dự án đầu tư bắt buộc

Chúng tôi xin nhắc lại danh sách hồ sơ chi tiết mà doanh nghiệp cần chuẩn bị, dựa trên kinh nghiệm thực tế và quy định tại Thông tư 80/2021/TT-BTC:

Giấy đề nghị hoàn thuế (Mẫu 01/HT).
Tờ khai thuế GTGT (Mẫu 02/GTGT).
Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư / Giấy phép đầu tư.
Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất / Hợp đồng thuê đất.
Giấy phép xây dựng (nếu có).
Chứng từ góp đủ vốn điều lệ theo tiến độ.
Giấy phép cho ngành nghề kinh doanh có điều kiện.
Bảng kê hóa đơn, chứng từ đầu vào (Mẫu 01-1/HT).
Quyết định thành lập Ban quản lý dự án (nếu có và Ban quản lý thực hiện hoàn thuế).

Hướng dẫn chi tiết cách điền các chỉ tiêu quan trọng trên tờ khai mẫu 02/GTGT

Tờ khai 02/GTGT là trung tâm của bộ hồ sơ. Việc kê khai sai có thể dẫn đến việc hồ sơ bị từ chối hoặc yêu cầu giải trình phức tạp. Dưới đây là hướng dẫn cho một số chỉ tiêu quan trọng:

Chỉ tiêu – Thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư: Ghi tổng số thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ của dự án.
Chỉ tiêu – Thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được hoàn kỳ trước chuyển sang: Lấy số liệu từ chỉ tiêu của tờ khai 02/GTGT kỳ trước.
Chỉ tiêu [28a] – Thuế GTGT mua vào của dự án đầu tư bù trừ với thuế GTGT phải nộp của hoạt động SXKD: Đây là chỉ tiêu quan trọng, phản ánh số thuế của dự án được dùng để bù trừ với thuế phải nộp trên tờ khai 01/GTGT cùng kỳ.
Chỉ tiêu – Thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư đề nghị hoàn: Đây là số tiền bạn đề nghị cơ quan thuế hoàn lại, sau khi đã bù trừ (nếu có) và phải lớn hơn hoặc bằng 300 triệu đồng.
Chỉ tiêu – Thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được hoàn chuyển kỳ sau: Là số thuế còn lại sau khi đã đề nghị hoàn, sẽ được chuyển sang chỉ tiêu của kỳ tiếp theo.

Những sai lầm cần tránh để không bị từ chối hoàn thuế

Thực tế cho thấy, nhiều doanh nghiệp bị từ chối hoặc chậm hoàn thuế do những sai lầm không đáng có.

Trường hợp dự án đầu tư không góp đủ vốn điều lệ đã đăng ký

Đây là lỗi phổ biến nhất. Cơ quan thuế sẽ kiểm tra rất kỹ chứng từ góp vốn của doanh nghiệp. Nếu tại thời điểm nộp hồ sơ, vốn điều lệ chưa được góp đủ theo tiến độ cam kết trong giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, hồ sơ hoàn thuế chắc chắn sẽ không được chấp nhận.

Sai sót trong việc xác định đúng cơ quan thuế để nộp hồ sơ

Như đã đề cập, việc nộp sai cơ quan thuế (ví dụ, dự án ở tỉnh khác nhưng lại nộp cho Cục Thuế tại trụ sở chính) sẽ khiến hồ sơ bị luân chuyển hoặc trả về, gây mất thời gian và công sức của doanh nghiệp.

Kê khai thiếu hoặc sai thông tin trên các phụ lục, bảng kê

Mọi số liệu trên tờ khai 02/GTGT và giấy đề nghị hoàn thuế phải khớp với Bảng kê hóa đơn, chứng từ mua vào (Mẫu 01-1/HT) và sổ sách kế toán. Bất kỳ sự chênh lệch nào, dù là nhỏ nhất, cũng có thể là lý do để cơ quan thuế yêu cầu giải trình hoặc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước hoàn thuế.

Tóm lại, việc khai thuế giá trị gia tăng đối với phương pháp khấu trừ thuế đối với dự án đầu tư thuộc diện được hoàn thuế là một quyền lợi lớn, giúp doanh nghiệp tăng cường sức khỏe tài chính. Nắm vững các điều kiện, chuẩn bị hồ sơ đầy đủ theo hướng dẫn, đặc biệt là tờ khai 02/GTGT, và tuân thủ đúng quy trình sẽ đảm bảo quá trình hoàn thuế diễn ra thuận lợi, giúp doanh nghiệp tối ưu hóa nguồn vốn cho hoạt động đầu tư và sản xuất kinh doanh.

Nếu bạn cần tư vấn chuyên sâu hoặc hỗ trợ thực hiện thủ tục hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư của mình, hãy liên hệ ngay với chúng tôi. Với đội ngũ chuyên gia pháp lý và kế toán thuế tại Luật Dân Việt, chúng tôi cam kết hỗ trợ bạn nhanh chóng và chính xác nhất.
Thông tin liên hệ Luật Dân Việt: