Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư là một quyền lợi quan trọng, giúp doanh nghiệp tối ưu hóa dòng vốn, đặc biệt trong giai đoạn đầu chưa phát sinh doanh thu. Tuy nhiên, thủ tục này tương đối phức tạp và đòi hỏi sự am hiểu sâu sắc về các quy định pháp luật. Bài viết này từ Luật Dân Việt sẽ là kim chỉ nam chi tiết, cập nhật các quy định mới nhất năm 2025, giúp bạn nắm vững điều kiện, chuẩn bị hồ sơ chính xác và thực hiện thủ tục hoàn thuế một cách nhanh chóng, tránh các sai sót không đáng có để nhận lại số tiền thuế lên đến hàng trăm triệu đồng.
Điều kiện tiên quyết để được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư năm 2025
Để được xem xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, doanh nghiệp cần phải đáp ứng đồng thời nhiều điều kiện khắt khe. Việc không tuân thủ bất kỳ điều kiện nào cũng có thể dẫn đến việc hồ sơ bị từ chối. Dưới đây là các điều kiện cốt lõi được cập nhật theo quy định hiện hành.
1. Doanh nghiệp phải đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ
Đây là điều kiện cơ bản nhất. Doanh nghiệp phải đang hoạt động và đã đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT với cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Phương pháp này cho phép doanh nghiệp khấu trừ thuế GTGT đầu vào (khi mua hàng hóa, dịch vụ) với thuế GTGT đầu ra (khi bán hàng hóa, dịch vụ). Trong giai đoạn đầu tư, khi chưa có đầu ra, số thuế đầu vào sẽ được tích lũy lại.
2. Có dự án đầu tư mới và đang trong giai đoạn đầu tư
Doanh nghiệp phải có một dự án đầu tư mới đã được cấp phép theo quy định của Luật Đầu tư. Dự án này phải đang trong giai đoạn đầu tư, tức là giai đoạn xây dựng cơ bản, mua sắm máy móc thiết bị để hình thành tài sản cố định, chưa đi vào hoạt động và chưa đăng ký kinh doanh. Thời điểm hoàn thuế GTGT dự án đầu tư bắt đầu khi dự án chính thức được phê duyệt và kết thúc khi dự án đi vào hoạt động.
3. Số thuế GTGT đầu vào lũy kế của dự án từ 300 triệu đồng trở lên
Đây là ngưỡng hoàn thuế tối thiểu. Theo quy định, số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết của dự án đầu tư phải lũy kế từ 300 triệu đồng trở lên thì doanh nghiệp mới đủ điều kiện lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế. Nếu số thuế nhỏ hơn 300 triệu, doanh nghiệp sẽ phải kết chuyển sang kỳ kê khai tiếp theo để tiếp tục khấu trừ.
4. Đáp ứng các quy định về vốn điều lệ và giấy phép cho ngành nghề kinh doanh có điều kiện
Đối với các dự án thuộc ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện, doanh nghiệp phải đảm bảo đã góp đủ vốn điều lệ như đã đăng ký. Đồng thời, phải có giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện, giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh, hoặc văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh. Đây là một quy định mới về hoàn thuế GTGT dự án đầu tư nhằm siết chặt quản lý.
Các trường hợp được hoàn thuế và không được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư
Nắm rõ các trường hợp nào được và không được hoàn thuế sẽ giúp doanh nghiệp xác định đúng quyền lợi của mình và tránh mất thời gian, công sức chuẩn bị hồ sơ một cách vô ích.
Trường hợp được hoàn thuế: Dự án cùng tỉnh và khác tỉnh với trụ sở chính
Theo Thông tư 80/2021/TT-BTC, doanh nghiệp có dự án đầu tư (bao gồm cả dự án cùng tỉnh và khác tỉnh với nơi đóng trụ sở chính) đang trong giai đoạn đầu tư thì được hoàn thuế GTGT. Doanh nghiệp phải thực hiện kê khai thuế GTGT riêng cho dự án đầu tư đó và bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang diễn ra (nếu có). Sau khi bù trừ, nếu số thuế đầu vào lũy kế của dự án vẫn còn từ 300 triệu đồng trở lên thì sẽ được hoàn thuế.
Trường hợp KHÔNG được hoàn thuế: Những điểm loại trừ doanh nghiệp cần biết
Pháp luật cũng quy định rõ các trường hợp không được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý:
- Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ vốn điều lệ: Đây là một trong những lý do từ chối phổ biến nhất.
- Dự án đầu tư kinh doanh ngành, nghề có điều kiện nhưng chưa được cấp phép: Nếu chưa có giấy phép cần thiết tại thời điểm đề nghị hoàn thuế, hồ sơ sẽ bị bác bỏ.
- Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản: Các dự án này được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên sẽ không được hoàn thuế.
- Cơ sở kinh doanh bị xử lý về hành vi trốn thuế: Trong thời hạn 2 năm kể từ ngày bị xử phạt, doanh nghiệp sẽ không được hoàn thuế.
Hướng dẫn quy trình và thủ tục hoàn thuế GTGT dự án đầu tư chi tiết từ A-Z
Quy trình xin hoàn thuế GTGT dự án đầu tư bao gồm nhiều bước đòi hỏi sự chính xác và tuân thủ nghiêm ngặt. Tại Luật Dân Việt, chúng tôi đã hỗ trợ nhiều doanh nghiệp thực hiện thành công thủ tục này và đúc kết quy trình 4 bước cốt lõi sau.
Bước 1: Kê khai thuế GTGT riêng cho dự án đầu tư
Doanh nghiệp phải sử dụng Tờ khai thuế GTGT Mẫu số 02/GTGT dành riêng cho dự án đầu tư. Toàn bộ hóa đơn, chứng từ đầu vào phục vụ trực tiếp cho dự án (chi phí xây dựng, mua sắm máy móc, tư vấn…) sẽ được kê khai trên tờ khai này. Việc kê khai riêng biệt giúp cơ quan thuế dễ dàng theo dõi và xác minh số liệu của dự án.
Bước 2: Bù trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án với hoạt động kinh doanh (nếu có)
Nếu doanh nghiệp có hoạt động sản xuất kinh doanh khác đang diễn ra, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư sẽ được bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động đó. Sau khi bù trừ, nếu số thuế đầu vào của dự án vẫn còn, doanh nghiệp mới tiếp tục các bước sau.
Bước 3: Chuẩn bị bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế đầy đủ và hợp lệ
Đây là bước quan trọng nhất, quyết định đến 90% khả năng thành công của việc hoàn thuế. Một bộ hồ sơ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư đầy đủ sẽ được trình bày chi tiết ở phần sau. Doanh nghiệp cần đảm bảo mọi giấy tờ đều hợp lệ, thông tin nhất quán và minh bạch.
Bước 4: Nộp hồ sơ và theo dõi quá trình xử lý của cơ quan thuế
Hồ sơ đề nghị hoàn thuế được nộp bằng phương thức điện tử qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Sau khi nộp, cơ quan thuế sẽ tiếp nhận và phân loại hồ sơ. Doanh nghiệp cần chủ động theo dõi trạng thái xử lý, sẵn sàng giải trình và bổ sung tài liệu khi có yêu cầu từ cán bộ thuế.
Bộ hồ sơ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư cần chuẩn bị những gì?
Việc chuẩn bị một bộ hồ sơ hoàn thuế dự án mới đầy đủ và chính xác là yếu tố then chốt. Dựa trên kinh nghiệm thực tiễn, Luật Dân Việt khuyến nghị doanh nghiệp cần chuẩn bị kỹ lưỡng các loại giấy tờ sau:
Giấy đề nghị hoàn trả theo Mẫu số 01/HT (Ban hành kèm Thông tư 80/2021/TT-BTC)
Đây là văn bản pháp lý chính, trong đó doanh nghiệp kê khai thông tin về số thuế đề nghị hoàn, lý do hoàn và tài khoản nhận tiền. Mẫu giấy đề nghị hoàn thuế GTGT dự án đầu tư này cần được điền đầy đủ và chính xác tuyệt đối.
Các giấy tờ pháp lý của dự án: Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Giấy phép xây dựng…
Đây là các tài liệu chứng minh tính hợp pháp của dự án, bao gồm:
- Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh.
- Đối với ngành nghề có điều kiện: Giấy phép kinh doanh, giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh.
- Giấy phép xây dựng, quyết định phê duyệt dự án…
Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào hợp lệ
Doanh nghiệp cần lập bảng kê chi tiết toàn bộ hóa đơn, chứng từ đầu vào (Mẫu 01-1/HT hoặc 01-2/HT) phục vụ cho dự án. Hóa đơn phải hợp lệ, hợp pháp, ghi đúng tên, địa chỉ, mã số thuế của doanh nghiệp và có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho các hóa đơn từ 20 triệu đồng trở lên.
Các tài liệu khác theo yêu cầu: Chứng từ góp vốn, Quyết định thành lập Ban quản lý dự án…
Tùy trường hợp cụ thể, cơ quan thuế có thể yêu cầu bổ sung:
- Chứng từ chứng minh việc góp đủ vốn điều lệ (sao kê ngân hàng, biên bản góp vốn).
- Quyết định thành lập Ban Quản lý dự án (nếu có).
- Hợp đồng kinh tế, biên bản nghiệm thu, thanh lý hợp đồng.
Những sai lầm thường gặp khiến doanh nghiệp bị từ chối hoàn thuế
Quá trình hoàn thuế GTGT đầu vào dự án thường tiềm ẩn nhiều rủi ro. Dưới đây là những sai sót mà chúng tôi tại Luật Dân Việt thường thấy doanh nghiệp mắc phải, dẫn đến việc bị chậm hoặc từ chối hoàn thuế.
Sai sót trong việc kê khai, thiếu nhất quán giữa các hồ sơ
Lỗi phổ biến là kê khai sai mẫu tờ khai (dùng mẫu 01/GTGT thay vì 02/GTGT), số liệu trên giấy đề nghị hoàn thuế không khớp với sổ sách kế toán và tờ khai thuế. Sự thiếu nhất quán này khiến cơ quan thuế nghi ngờ về tính minh bạch và yêu cầu giải trình phức tạp.
Hóa đơn, chứng từ đầu vào không hợp lệ, không hợp pháp
Sử dụng hóa đơn từ các doanh nghiệp đã bỏ trốn, hóa đơn sai thông tin, hoặc không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng cho các giao dịch trên 20 triệu đồng là những lỗi nghiêm trọng. Cơ quan thuế sẽ loại bỏ toàn bộ giá trị thuế GTGT của những hóa đơn này, có thể khiến số thuế đủ điều kiện hoàn giảm xuống dưới ngưỡng 300 triệu đồng.
Không đáp ứng đủ điều kiện về vốn điều lệ tại thời điểm nộp hồ sơ
Nhiều doanh nghiệp nộp hồ sơ khi chưa góp đủ vốn điều lệ theo tiến độ đã đăng ký. Đây là một trong những điều kiện hoàn thuế đầu tư tiên quyết. Cơ quan thuế sẽ kiểm tra rất kỹ vấn đề này và hồ sơ sẽ bị từ chối ngay lập tức nếu không đáp ứng.
Giải đáp các câu hỏi thường gặp về hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư
Thời gian hoàn thuế GTGT dự án đầu tư mất bao lâu?
Theo quy định, thời gian giải quyết hồ sơ hoàn thuế là 06 ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện “hoàn thuế trước, kiểm tra sau” và 40 ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện “kiểm tra trước, hoàn thuế sau”, kể từ ngày cơ quan thuế chấp nhận hồ sơ. Tuy nhiên, trên thực tế, thời gian có thể kéo dài hơn do quá trình giải trình, bổ sung hồ sơ.
Doanh nghiệp mới thành lập có dự án đầu tư được hoàn thuế như thế nào?
Hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp mới thành lập có dự án đầu tư được thực hiện tương tự như các doanh nghiệp khác. Miễn là doanh nghiệp đã đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, có dự án đầu tư hợp lệ và đáp ứng đủ các điều kiện khác (số thuế lũy kế trên 300 triệu, vốn điều lệ…), doanh nghiệp hoàn toàn có quyền đề nghị hoàn thuế.
Thời điểm nào là thích hợp để bắt đầu nộp hồ sơ hoàn thuế?
Doanh nghiệp có thể nộp hồ sơ hoàn thuế theo từng năm hoặc khi số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ của dự án lũy kế đạt từ 300 triệu đồng trở lên. Thời điểm thích hợp là khi doanh nghiệp đã tập hợp đầy đủ các hóa đơn, chứng từ hợp lệ và đảm bảo các điều kiện pháp lý khác (vốn điều lệ, giấy phép) đã được đáp ứng đầy đủ để tránh bị từ chối.
Việc hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư tuy phức tạp nhưng hoàn toàn khả thi nếu doanh nghiệp nắm vững các quy định cốt lõi và chuẩn bị kỹ lưỡng. Nắm rõ điều kiện, tuân thủ đúng quy trình và chuẩn bị một bộ hồ sơ đầy đủ không chỉ giúp doanh nghiệp nhận lại dòng tiền quan trọng mà còn thể hiện sự chuyên nghiệp, minh bạch trong hoạt động tài chính, tạo nền tảng vững chắc cho sự phát triển của dự án.
Nếu bạn cần tư vấn chuyên sâu hoặc hỗ trợ thực hiện thủ tục hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư một cách chính xác và hiệu quả, hãy liên hệ ngay với Luật Dân Việt để được các chuyên gia pháp lý và kế toán hỗ trợ!
Thông tin liên hệ Luật Dân Việt:
- Hà Nội: 219 Trung Kính, Yên Hoà, Cầu Giấy, Hà Nội & Toà HH2, FLC Garden City, Đại Mỗ, Nam Từ Liêm, Hà Nội.
- Email: tuvanluatdanviet@gmail.com
- Hotline: 0858.111.929
Luật Dân Việt – Dịch vụ hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư trọn gói, đại diện nộp hồ sơ và theo dõi tiến trình.
