Nội dung chính
ToggleDoanh nghiệp của bạn có quyết định hoàn thuế từ cơ quan có thẩm quyền nhưng chưa biết bắt đầu từ đâu? Quy trình hoàn thuế giá trị gia tăng theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật đôi khi có thể phức tạp. Bài viết này sẽ là kim chỉ nam, cung cấp toàn bộ quy trình, hồ sơ và những lưu ý “vàng” để quá trình hoàn thuế GTGT diễn ra nhanh chóng, thuận lợi và đúng pháp luật. Hãy cùng tìm hiểu ngay để đảm bảo quyền lợi tài chính chính đáng cho doanh nghiệp, tránh các sai sót không đáng có và tối ưu hóa dòng tiền.

Hoàn thuế GTGT theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền là gì và áp dụng khi nào?
Hiểu rõ bản chất và các trường hợp áp dụng là bước đầu tiên và quan trọng nhất để doanh nghiệp xác định đúng quyền lợi của mình. Đây là một hình thức hoàn thuế đặc thù, khác biệt so với các trường hợp phổ biến khác.
Định nghĩa: Hiểu đúng về “quyết định của cơ quan có thẩm quyền”
“Quyết định của cơ quan có thẩm quyền” là một văn bản pháp lý do cơ quan nhà nước có chức năng ban hành, ghi nhận việc hoàn trả một khoản thuế GTGT cho người nộp thuế. Văn bản này có thể là bản án, quyết định của Tòa án, quyết định giải quyết khiếu nại của cơ quan quản lý thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền khác.
Đây không phải là quyết định hoàn thuế thông thường do cơ quan thuế ban hành sau khi thẩm định hồ sơ đề nghị hoàn của doanh nghiệp, mà là kết quả của một quá trình thanh tra, kiểm tra, giải quyết tranh chấp hoặc khiếu nại trước đó.
Các trường hợp cụ thể được hoàn thuế theo quyết định
Pháp luật về thuế quy định rõ các trường hợp được hoàn thuế theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền. Căn cứ theo khoản 5 Điều 34 Thông tư 80/2021/TT-BTC, các trường hợp này bao gồm:
- Hoàn thuế GTGT theo quyết định hoặc bản án của Tòa án, trọng tài thương mại.
- Hoàn thuế theo quyết định giải quyết khiếu nại về thuế của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật về khiếu nại.
- Hoàn thuế theo kết luận của Kiểm toán nhà nước hoặc kết luận, quyết định xử lý của cơ quan thanh tra và các cơ quan nhà nước có thẩm quyền khác.
Tại Luật Dân Việt, chúng tôi đã hỗ trợ nhiều doanh nghiệp trong các trường hợp phức tạp, từ việc theo đuổi các vụ kiện hành chính về thuế đến khiếu nại các quyết định truy thu không hợp lý, và cuối cùng nhận được quyết định hoàn thuế xứng đáng.
Phân biệt với các trường hợp hoàn thuế GTGT thông thường khác (dự án đầu tư, xuất khẩu)
Điều quan trọng là cần phân biệt rõ hình thức này với các trường hợp hoàn thuế GTGT phổ biến hơn để áp dụng đúng quy trình:
- Hoàn thuế thông thường (Dự án đầu tư, hàng hóa xuất khẩu): Doanh nghiệp chủ động lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế khi đáp ứng đủ điều kiện (ví dụ: số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên). Cơ quan thuế sẽ thẩm định và ra quyết định hoàn thuế GTGT.
- Hoàn thuế theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền: Việc hoàn thuế này mang tính bị động, là kết quả của một quá trình tố tụng, khiếu nại hoặc thanh tra, kiểm tra trước đó. Quyết định này là cơ sở pháp lý trực tiếp để Kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn trả tiền thuế cho doanh nghiệp.
Điều kiện và cơ sở pháp lý để được hoàn thuế GTGT theo quyết định
Để được hoàn thuế, doanh nghiệp không chỉ cần có quyết định của cơ quan thẩm quyền mà còn phải đáp ứng các điều kiện pháp lý liên quan.
Các điều kiện doanh nghiệp bắt buộc phải đáp ứng
Để quy trình hoàn thuế diễn ra thuận lợi, doanh nghiệp cần đảm bảo các điều kiện sau:
- Có văn bản là quyết định, bản án có hiệu lực pháp luật của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
- Số tiền thuế đề nghị hoàn phải khớp với số tiền được ghi trong quyết định hoặc văn bản của cơ quan thẩm quyền.
- Doanh nghiệp vẫn đang hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký với cơ quan thuế.
- Hoàn thành các nghĩa vụ kê khai thuế và nộp các khoản thuế khác (nếu có) không liên quan đến khoản đề nghị hoàn.
Cập nhật các văn bản pháp luật quan trọng (Luật Quản lý thuế, Thông tư, Nghị định)
Cơ sở pháp lý cho việc hoàn thuế GTGT theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền được quy định chủ yếu tại các văn bản sau:
- Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14: Quy định chung về quyền và nghĩa vụ của người nộp thuế, thủ tục giải quyết hồ sơ hoàn thuế.
- Nghị định 126/2020/NĐ-CP: Quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế.
- Thông tư 80/2021/TT-BTC: Hướng dẫn chi tiết về hồ sơ, trình tự, thủ tục hoàn thuế, đặc biệt tại Điều 32, 33 và 34.
Việc nắm vững các quy định này giúp doanh nghiệp chủ động trong quá trình làm việc với cơ quan thuế và bảo vệ quyền lợi của mình.
Hướng dẫn chi tiết thủ tục và quy trình hoàn thuế GTGT theo quyết định
Sau khi có trong tay quyết định của cơ quan thẩm quyền, doanh nghiệp cần thực hiện các bước sau để nhận lại tiền thuế từ ngân sách nhà nước.
Bước 1: Chuẩn bị bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế đầy đủ, chuẩn xác
Hồ sơ hoàn thuế GTGT theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền là yếu tố quyết định tốc độ xử lý. Một bộ hồ sơ chuẩn xác sẽ giúp doanh nghiệp tránh được các yêu cầu bổ sung, giải trình không cần thiết.
Bước 2: Nộp hồ sơ tại cơ quan thuế có thẩm quyền và tiếp nhận thông báo
Doanh nghiệp nộp bộ hồ sơ đã chuẩn bị tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Hồ sơ có thể được nộp trực tiếp tại bộ phận một cửa hoặc gửi qua cổng giao dịch điện tử của Tổng cục Thuế.
Sau khi tiếp nhận, cơ quan thuế sẽ gửi Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế (Mẫu số 02/TB-HT ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP).
Bước 3: Quy trình xử lý, thẩm định hồ sơ của cơ quan thuế
Đối với trường hợp hoàn thuế này, hồ sơ thuộc diện “hoàn thuế trước, kiểm tra sau”. Cơ quan thuế chủ yếu đối chiếu sự phù hợp giữa hồ sơ đề nghị hoàn và quyết định của cơ quan có thẩm quyền.
Tuy nhiên, nếu phát hiện rủi ro, cơ quan thuế vẫn có thể chuyển hồ sơ sang diện “kiểm tra trước hoàn thuế sau“. Đây là một điểm mà nhiều doanh nghiệp cần lưu ý.
Bước 4: Nhận quyết định hoàn thuế và tiền hoàn thuế từ Kho bạc Nhà nước
Sau khi thẩm định và xác định hồ sơ hợp lệ, cơ quan thuế sẽ ban hành Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước) và Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước.
Dựa trên Lệnh hoàn trả này, Kho bạc Nhà nước sẽ thực hiện chuyển tiền vào tài khoản của doanh nghiệp.
Trọn bộ hồ sơ cần chuẩn bị để đề nghị hoàn thuế GTGT
Việc chuẩn bị một bộ hồ sơ đầy đủ và chính xác ngay từ đầu là chìa khóa để rút ngắn thời gian hoàn thuế theo quyết định. Dưới đây là danh sách các giấy tờ cần thiết.
Mẫu giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước (Mẫu 01/HT)
Đây là tài liệu cốt lõi của bộ hồ sơ, được ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC. Doanh nghiệp cần điền đầy đủ, chính xác các thông tin, đặc biệt là lý do hoàn thuế và số tiền đề nghị hoàn.
Quyết định của cơ quan có thẩm quyền (bản sao y công chứng)
Đây là căn cứ pháp lý quan trọng nhất. Doanh nghiệp cần nộp bản sao có chứng thực hoặc bản sao đã được đối chiếu với bản chính của bản án, quyết định của Tòa án, hoặc quyết định giải quyết khiếu nại, kết luận của cơ quan thanh tra, kiểm toán…
Các hóa đơn, chứng từ liên quan chứng minh số thuế đã nộp
Trong một số trường hợp, cơ quan thuế có thể yêu cầu cung cấp thêm các tài liệu liên quan để làm rõ số thuế đã nộp tương ứng với số tiền đề nghị hoàn, chẳng hạn như chứng từ nộp tiền vào ngân sách nhà nước.
Một số giấy tờ pháp lý khác tùy theo từng trường hợp cụ thể
Tùy thuộc vào nội dung của quyết định, doanh nghiệp có thể cần bổ sung:
- Văn bản ủy quyền (nếu người nộp hồ sơ không phải là đại diện pháp luật).
- Các tài liệu giải trình khác theo yêu cầu của cơ quan thuế (nếu có).
Những lưu ý quan trọng về thời gian và cách tra cứu quyết định hoàn thuế
Nắm rõ thời hạn và cách theo dõi tiến độ giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong việc quản lý dòng tiền.
Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định là bao lâu?
Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT theo quyết định cơ quan thẩm quyền được quy định rõ. Theo khoản 3 Điều 75 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, thời hạn giải quyết là 06 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo bằng văn bản về việc chấp nhận hồ sơ.
Hướng dẫn cách tra cứu tình trạng xử lý hồ sơ và quyết định hoàn thuế online
Doanh nghiệp có thể dễ dàng tra cứu quyết định hoàn thuế và tình trạng xử lý hồ sơ thông qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế (https://thuedientu.gdt.gov.vn).
Các bước thực hiện:
- Đăng nhập vào tài khoản giao dịch thuế điện tử của doanh nghiệp.
- Chọn mục “Hoàn thuế”.
- Chọn “Tra cứu giấy đề nghị hoàn” hoặc “Tra cứu quyết định hoàn”.
- Nhập các tiêu chí tìm kiếm để xem kết quả chi tiết.
Phải làm gì khi quá thời hạn nhưng chưa nhận được tiền hoàn thuế?
Nếu đã quá thời hạn 06 ngày làm việc mà chưa nhận được tiền hoặc bất kỳ thông báo nào từ cơ quan thuế, doanh nghiệp cần chủ động:
- Kiểm tra lại tình trạng xử lý hồ sơ trên cổng thông tin điện tử.
- Liên hệ trực tiếp với cán bộ quản lý thuế để hỏi rõ lý do chậm trễ.
- Nếu không nhận được phản hồi thỏa đáng, doanh nghiệp có quyền gửi văn bản khiếu nại về việc chậm giải quyết hồ sơ hoàn thuế đến Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên.
Với kinh nghiệm hỗ trợ nhiều doanh nghiệp, Luật Dân Việt nhận thấy việc chủ động, lịch sự và kiên trì trong giao tiếp với cơ quan thuế thường mang lại kết quả tích cực.
Hoàn thuế GTGT theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền là một quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp khi có đầy đủ căn cứ pháp lý. Việc nắm vững các trường hợp được hoàn, chuẩn bị hồ sơ đầy đủ và tuân thủ đúng quy trình không chỉ giúp doanh nghiệp nhận lại tiền nhanh chóng mà còn thể hiện sự chuyên nghiệp, minh bạch trong công tác kế toán – tài chính. Điều này góp phần tạo dựng uy tín với cơ quan quản lý nhà nước và tối ưu hóa sức khỏe tài chính của doanh nghiệp.
Nếu bạn cần tư vấn chi tiết hơn về Thủ tục hoàn thuế GTGT theo quyết định cơ quan có thẩm quyền hoặc hỗ trợ thực hiện thủ tục một cách chuyên nghiệp, hãy liên hệ ngay với chúng tôi. Với đội ngũ chuyên gia pháp lý và kế toán thuế giàu kinh nghiệm, Luật Dân Việt sẵn sàng hỗ trợ bạn nhanh chóng nhất.
Thông tin liên hệ Luật Dân Việt:
- Hà Nội:
- 219 Trung Kính, Yên Hoà, Hà Nội
- Toà HH2, FLC Garden City, Đại Mỗ, Hà Nội
- Email: tuvanluatdanviet@gmail.com
- Hotline: 0858.111.929
Luật Dân Việt – Đại diện làm việc với cơ quan thuế, theo dõi quyết định hoàn thuế đến khi nhận được tiền hoàn.










