Khai quyết toán thuế TNDN theo phương pháp doanh thu – chi phí: Hướng dẫn chi tiết

Nội dung chính

Việc khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp theo phương pháp doanh thu – chi phí là một nghĩa vụ pháp lý quan trọng mà mọi doanh nghiệp phải thực hiện vào cuối mỗi năm tài chính. Đây không chỉ là việc tuân thủ quy định mà còn là cơ hội để doanh nghiệp rà soát lại toàn bộ hoạt động tài chính, tối ưu hóa số thuế phải nộp một cách hợp pháp.

Bài viết này sẽ cung cấp một lộ trình chi tiết, giúp kế toán trưởng và chủ doanh nghiệp nắm vững toàn bộ quy trình. Từ việc xác định doanh thu tính thuế, các khoản chi phí hợp lệ được trừ, đến hoàn thiện hồ sơ mẫu 03/TNDN và nộp đúng hạn trong năm 2025 để tránh mọi rủi ro pháp lý không đáng có.

Hồ sơ quyết toán thuế TNDN 2025 cần chuẩn bị những gì?

Để quá trình quyết toán diễn ra suôn sẻ, việc chuẩn bị một bộ hồ sơ đầy đủ và chính xác là yêu cầu tiên quyết. Theo quy định hiện hành, bộ hồ sơ quyết toán thuế TNDN theo phương pháp doanh thu – chi phí bao gồm các tài liệu cốt lõi sau.

Tờ khai quyết toán thuế TNDN theo mẫu 03/TNDN (Ban hành theo Thông tư 80/2021/TT-BTC)

Đây là tài liệu trung tâm của bộ hồ sơ, phản ánh toàn bộ quá trình xác định nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp trong kỳ. Tờ khai mẫu 03/TNDN được ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC, áp dụng cho các doanh nghiệp tính thuế theo phương pháp doanh thu – chi phí. Tất cả các số liệu về doanh thu, chi phí, thu nhập chịu thuế và số thuế phải nộp đều được tổng hợp trên tờ khai này.

Báo cáo tài chính năm và các phụ lục bắt buộc đi kèm

Báo cáo tài chính là cơ sở dữ liệu đầu vào để lập tờ khai quyết toán thuế. Doanh nghiệp phải nộp kèm bộ báo cáo tài chính năm (hoặc báo cáo tài chính tới thời điểm chấm dứt hoạt động) theo quy định của pháp luật kế toán. Các phụ lục quan trọng đi kèm tờ khai quyết toán bao gồm:

Phụ lục kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh: Mẫu 03-1A/TNDN, 03-1B/TNDN, 03-1C/TNDN.
Phụ lục chuyển lỗ: Mẫu 03-2/TNDN, dùng khi doanh nghiệp có phát sinh lỗ từ các năm trước và muốn chuyển lỗ sang kỳ tính thuế hiện tại.
Phụ lục về ưu đãi thuế TNDN (nếu có): Các mẫu 03-3A, 03-3B, 03-3C/TNDN.
Phụ lục thông tin về giao dịch liên kết (nếu có).

Các tài liệu liên quan khác: Sổ sách kế toán, hóa đơn, chứng từ hợp pháp

Cơ quan thuế có thể yêu cầu doanh nghiệp cung cấp các tài liệu gốc để đối chiếu, xác minh tính chính xác của các số liệu đã kê khai. Do đó, doanh nghiệp cần hệ thống và lưu trữ cẩn thận toàn bộ sổ sách kế toán, hóa đơn GTGT đầu vào – đầu ra, hợp đồng kinh tế, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, bảng lương, và các chứng từ hợp pháp khác liên quan đến các khoản doanh thu và chi phí phát sinh trong năm tài chính.

Nguyên tắc vàng xác định doanh thu và chi phí hợp lệ

Xác định đúng doanh thu và chi phí là chìa khóa để tính đúng số thuế TNDN phải nộp. Việc này đòi hỏi sự am hiểu sâu sắc về các quy định của luật thuế.

Cách xác định doanh thu tính thuế TNDN: Thời điểm ghi nhận và các khoản giảm trừ

Doanh thu tính thuế TNDN là toàn bộ tiền bán hàng, tiền gia công, cung cấp dịch vụ, bao gồm cả các khoản trợ giá, phụ thu, phụ trội mà doanh nghiệp được hưởng, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa.

Thời điểm xác định doanh thu chịu thuế TNDN:
- Đối với hoạt động bán hàng hóa: Là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu, quyền sử dụng hàng hóa cho người mua.
- Đối với hoạt động cung ứng dịch vụ: Là thời điểm hoàn thành việc cung ứng dịch vụ hoặc từng phần của việc cung ứng dịch vụ cho người mua.
Các khoản giảm trừ doanh thu: Doanh thu tính thuế có thể được điều chỉnh giảm cho các khoản như chiết khấu thương mại, giảm giá hàng bán, hàng bán bị trả lại nếu có đầy đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định.

Điều kiện ghi nhận chi phí được trừ: 3 nguyên tắc cốt lõi cần nhớ

Để một khoản chi được xem là chi phí hợp lệ và được trừ khi tính thuế TNDN, nó phải đồng thời thỏa mãn 3 điều kiện sau đây, theo quy định tại Thông tư 96/2015/TT-BTC:

Khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.
Khoản chi có đủ hoá đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật.
Khoản chi nếu có hoá đơn mua hàng hoá, dịch vụ từng lần có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên (giá đã bao gồm thuế GTGT) khi thanh toán phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Tại Luật Dân Việt, với kinh nghiệm tư vấn cho hàng ngàn doanh nghiệp, chúng tôi nhận thấy việc đảm bảo đầy đủ chứng từ cho các khoản chi là yếu tố quan trọng nhất để bảo vệ chi phí hợp lệ khi quyết toán.

Danh sách các khoản chi phí không được trừ phổ biến nhất doanh nghiệp thường gặp

Nắm rõ các khoản chi phí không được trừ giúp doanh nghiệp chủ động loại bỏ chúng ngay từ khâu hạch toán, tránh bị truy thu và phạt thuế sau này. Một số khoản chi không được trừ phổ biến bao gồm:

Chi phí khấu hao tài sản cố định không sử dụng cho hoạt động sản xuất kinh doanh.
Phần chi vượt định mức tiêu hao nguyên vật liệu, nhiên liệu, năng lượng đã được nhà nước ban hành.
Chi tiền lương, tiền công và các khoản phụ cấp phải trả cho người lao động nhưng thực tế chưa chi hoặc không có chứng từ thanh toán theo quy định.
Các khoản tiền phạt vi phạm hành chính, bao gồm cả tiền phạt vi phạm luật giao thông, tiền phạt chậm nộp thuế.
Phần chi vượt mức 03 triệu đồng/tháng/người để trích nộp quỹ hưu trí tự nguyện, mua bảo hiểm hưu trí tự nguyện cho người lao động.
Các khoản chi được bù đắp bằng nguồn kinh phí khác.
Thuế GTGT đầu vào đã được khấu trừ hoặc hoàn thuế; thuế TNDN.
Chi phí lãi vay tương ứng với phần vốn điều lệ còn thiếu.

Hướng dẫn chi tiết quy trình 4 bước khai quyết toán thuế TNDN online

Hiện nay, việc nộp hồ sơ quyết toán thuế được thực hiện hoàn toàn trực tuyến qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, giúp tiết kiệm thời gian và nguồn lực cho doanh nghiệp.

Bước 1: Kiểm tra, đối chiếu và chốt số liệu trên báo cáo tài chính

Trước khi lập tờ khai, kế toán cần rà soát và đối chiếu kỹ lưỡng số liệu giữa sổ sách kế toán, báo cáo tài chính và các chứng từ gốc. Đảm bảo số dư cuối kỳ trên các tài khoản khớp đúng, các khoản công nợ đã được đối chiếu, và hàng tồn kho đã được kiểm kê.

Bước 2: Lập tờ khai mẫu 03/TNDN và các phụ lục trên phần mềm HTKK

Doanh nghiệp sử dụng phần mềm Hỗ trợ kê khai (HTKK) do Tổng cục Thuế cung cấp để lập tờ khai.

Đăng nhập vào phần mềm HTKK bằng mã số thuế của doanh nghiệp.
Chọn mục “Thuế Thu Nhập Doanh Nghiệp” và chọn “Tờ khai Quyết toán TNDN (03/TNDN)”.
Chọn đúng năm quyết toán (ví dụ: năm 2025) và các phụ lục cần thiết.
Nhập các chỉ tiêu trên tờ khai và phụ lục dựa trên số liệu từ báo cáo tài chính đã được chốt. Phần mềm sẽ tự động tính toán một số chỉ tiêu liên quan.

Bước 3: Kết xuất hồ sơ dạng XML và ký số điện tử

Sau khi hoàn tất việc nhập liệu và kiểm tra lại toàn bộ các chỉ tiêu, kế toán tiến hành kết xuất hồ sơ ra định dạng file XML. Sử dụng chữ ký số (token) của doanh nghiệp để ký điện tử lên tệp XML vừa kết xuất. Đây là bước xác thực tính pháp lý của hồ sơ khai thuế điện tử.

Bước 4: Nộp hồ sơ qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế

Đăng nhập vào Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế (thuedientu.gdt.gov.vn) bằng tài khoản của doanh nghiệp. Chọn chức năng “Nộp tờ khai XML”, tải tệp tờ khai đã ký số lên hệ thống và bấm “Nộp tờ khai”. Hệ thống sẽ trả về thông báo xác nhận đã tiếp nhận hồ sơ. Doanh nghiệp cần theo dõi để nhận thông báo cuối cùng về việc chấp nhận hồ sơ.

Những lưu ý quan trọng và mức phạt thường gặp cần tránh

Tuân thủ thời hạn và tránh các sai sót phổ biến là yếu-tố-sống-còn để quá trình quyết toán thuế không phát sinh các vấn đề pháp lý.

Thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN năm tài chính 2025

Theo quy định của Luật Quản lý thuế, đối với doanh nghiệp có năm tài chính trùng với năm dương lịch, thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN năm 2025 chậm nhất là ngày 31 tháng 3 năm 2026. Nếu ngày cuối cùng của thời hạn trùng với ngày nghỉ lễ, tết, thời hạn sẽ được tính là ngày làm việc tiếp theo.

Các lỗi sai sót phổ biến khi xác định chi phí và kê khai

Không đủ chứng từ: Chi các khoản lớn nhưng chỉ có phiếu chi, thiếu hợp đồng, hóa đơn.
Chi phí không liên quan: Đưa các chi phí cá nhân của chủ doanh nghiệp vào chi phí công ty.
Sai sót khi chuyển lỗ: Chuyển lỗ quá thời hạn quy định hoặc chuyển số lỗ không chính xác.
Kê khai sai ưu đãi thuế: Áp dụng sai mức thuế suất hoặc thời gian miễn, giảm thuế.

Mức phạt chậm nộp hồ sơ và cách xử lý khi khai sai, khai bổ sung

Việc chậm nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN sẽ bị xử phạt hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Mức phạt phụ thuộc vào thời gian chậm nộp:

Phạt cảnh cáo: Chậm nộp từ 1 đến 5 ngày và có tình tiết giảm nhẹ.
Phạt tiền từ 2.000.000 – 5.000.000 đồng: Chậm nộp từ 1 đến 30 ngày.
Phạt tiền từ 8.000.000 – 15.000.000 đồng: Chậm nộp từ 61 đến 90 ngày.
Phạt tiền từ 15.000.000 – 25.000.000 đồng: Chậm nộp trên 90 ngày và có phát sinh số thuế phải nộp.

Nếu phát hiện sai sót sau khi đã nộp hồ sơ, doanh nghiệp cần chủ động lập tờ khai bổ sung để điều chỉnh. Việc tự giác khai bổ sung trước khi cơ quan thuế có quyết định thanh tra, kiểm tra sẽ giúp giảm thiểu các mức phạt.

Việc thực hiện đúng quy trình khai quyết toán thuế TNDN theo phương pháp doanh thu – chi phí không chỉ là tuân thủ pháp luật mà còn giúp doanh nghiệp tối ưu hóa số thuế phải nộp. Bằng cách nắm vững nguyên tắc xác định doanh thu, chi phí hợp lệ và chuẩn bị đầy đủ hồ sơ theo mẫu 03/TNDN, bạn có thể tự tin hoàn thành nghĩa vụ tài chính, đảm bảo sự minh bạch và tạo đà phát triển bền vững cho doanh nghiệp.

Nếu bạn cần tư vấn chuyên sâu hoặc hỗ trợ dịch vụ quyết toán thuế TNDN trọn gói, hãy liên hệ ngay với đội ngũ chuyên gia của Luật Dân Việt để được giải đáp nhanh chóng và chính xác nhất!
Thông tin liên hệ Luật Dân Việt: