Nhận quyết định kiểm tra thuế khiến nhiều doanh nghiệp lo lắng vì chưa rõ đoàn kiểm tra làm việc bao lâu, xem những gì. Từ 01/7/2026, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế thực hiện theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, với thời hạn mới và nhiều trường hợp được bổ sung.
Trả lời nhanh: Cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong các trường hợp nêu tại khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025. Thời hạn kiểm tra không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định, gia hạn một lần không quá 20 ngày; doanh nghiệp có giao dịch liên kết tối đa 40 ngày.
Kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế là gì?
Kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế là việc đoàn kiểm tra của cơ quan thuế trực tiếp làm việc tại doanh nghiệp để đối chiếu hồ sơ khai thuế với sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ. Khác với kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế.
Luật Quản lý thuế 2025 yêu cầu kiểm tra theo quản lý rủi ro, ưu tiên kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử và không cản trở hoạt động bình thường của doanh nghiệp. Điểm mới khác của Luật xem tại bài Luật Quản lý thuế 2025.
Các trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế
Theo khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế khi:
- Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.
- Hồ sơ đã được hoàn thuế trước theo quản lý rủi ro, kiểm tra sau hoàn trong 5 năm kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.
- Có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế.
- Được chọn theo kế hoạch hoặc chuyên đề.
- Theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền.
- Người nộp thuế rủi ro cao khi chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động, chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc chuyển địa điểm.
- Hồ sơ khai thuế cần làm rõ nhưng chưa được giải quyết qua trao đổi gián tiếp.
- Phục vụ giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế.
- Hồ sơ miễn, giảm, không thu thuế của người nộp thuế rủi ro cao.
Kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề hoặc do người nộp thuế rủi ro cao tổ chức lại doanh nghiệp không quá 1 lần/năm, trừ trường hợp kiểm tra lại.
Quy trình kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp
Quy trình kiểm tra thuế tại trụ sở gồm các bước chính (hướng dẫn tại Thông tư 89/2026/TT-BTC):
- Ban hành quyết định kiểm tra: quyết định được gửi cho người nộp thuế trong 3 ngày làm việc kể từ ngày ký.
- Công bố quyết định: việc kiểm tra bắt đầu chậm nhất 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành quyết định; đoàn kiểm tra công bố quyết định tại trụ sở và lập biên bản.
- Tiến hành kiểm tra: không quá 20 ngày kể từ ngày công bố, có thể gia hạn một lần không quá 20 ngày. Doanh nghiệp có giao dịch liên kết: không quá 40 ngày, gia hạn một lần không quá 40 ngày. Thời gian tạm dừng không tính vào thời hạn.
- Lập biên bản kiểm tra: doanh nghiệp được giải trình, bảo lưu ý kiến trước khi ký.
- Xử lý kết quả: quyết định truy thu thuế, tiền chậm nộp 0,03%/ngày, xử phạt nếu có, hoặc kết luận không vi phạm.
Khi cần trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài, thời hạn có thể kéo dài nhưng không quá 2 năm. Trước đây, Luật Quản lý thuế 2019 chỉ cho phép kiểm tra tại trụ sở tối đa 10 ngày làm việc.
Quyền và nghĩa vụ của người nộp thuế khi bị kiểm tra
Người nộp thuế khi bị kiểm tra tại trụ sở có các quyền sau:
- Giải trình các nội dung liên quan, bảo lưu ý kiến trong biên bản.
- Khiếu nại, khởi kiện, yêu cầu bồi thường thiệt hại theo quy định.
- Tố cáo hành vi vi phạm pháp luật của người tiến hành kiểm tra.
Về nghĩa vụ, doanh nghiệp phải chấp hành quyết định kiểm tra, cung cấp sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ, dữ liệu điện tử theo yêu cầu và ký biên bản kiểm tra.
Câu hỏi thường gặp về kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế
Nhận quyết định kiểm tra rồi có được khai bổ sung không?
Theo hướng dẫn hiện hành, khai bổ sung trước khi công bố quyết định kiểm tra thường chỉ phải nộp thêm thuế thiếu và tiền chậm nộp. Sau thời điểm công bố, sai sót phát hiện có thể bị xử phạt. Xem thêm tại bài khai bổ sung hồ sơ khai thuế.
Quyết định kiểm tra ban hành trước 01/7/2026 áp dụng luật nào?
Cuộc kiểm tra có quyết định trước 01/7/2026 mà chưa kết thúc được xử lý theo quy định chuyển tiếp của Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và văn bản hướng dẫn; doanh nghiệp nên hỏi đoàn kiểm tra về căn cứ áp dụng.
Bị phát hiện khai thiếu thuế thì bị phạt thế nào?
Ngoài số thuế truy thu và tiền chậm nộp, doanh nghiệp có thể bị phạt khai sai theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Mức phạt cụ thể xem tại bài phạt khai sai thuế.
Chuẩn bị trước cho kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế
Kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế diễn ra nhanh hơn khi hồ sơ sẵn sàng. Bạn nên đối chiếu tờ khai với sổ sách hằng quý và cử người đầu mối làm việc với đoàn kiểm tra.
Liên hệ Luật Dân Việt để được tư vấn
Nếu bạn cần rà soát hồ sơ hoặc muốn Luật Dân Việt thực hiện thủ tục thay, hãy liên hệ để được tư vấn cụ thể theo tình huống của doanh nghiệp:
- Hotline: 0858.111.929
- Email: tuvanluatdanviet@gmail.com
- Văn phòng Hà Nội: 219 Trung Kính, Yên Hoà, Hà Nội; Toà HH2, FLC Garden City, Đại Mỗ, Hà Nội
Căn cứ pháp lý
- Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 ngày 10/12/2025 (khoản 3 Điều 22).
- Nghị định số 252/2026/NĐ-CP ngày 30/6/2026 của Chính phủ quy định chi tiết Luật Quản lý thuế.
- Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30/6/2026 của Bộ Tài chính hướng dẫn Luật Quản lý thuế.
- Nghị định số 125/2020/NĐ-CP của Chính phủ quy định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 310/2025/NĐ-CP và Nghị định số 291/2026/NĐ-CP.
Thông tin trong bài mang tính tham khảo, được cập nhật theo văn bản pháp luật có hiệu lực tại thời điểm đăng. Quy định có thể thay đổi; vui lòng đối chiếu văn bản gốc hoặc liên hệ luật sư trước khi thực hiện.
