Lệ phí hải quan là cách gọi quen thuộc của khoản tiền doanh nghiệp nộp mỗi khi mở tờ khai xuất nhập khẩu. Theo Thông tư 86/2025/TT-BTC (hiệu lực từ 12/10/2025), khoản 20.000 đồng/tờ khai về pháp lý là "phí hải quan", còn "lệ phí" chỉ áp dụng cho hàng hóa, phương tiện quá cảnh. Phân biệt đúng giúp doanh nghiệp nộp đủ, đúng hạn và hạch toán chính xác.
Trả lời nhanh: Phí làm thủ tục hải quan là 20.000 đồng/tờ khai hàng xuất nhập khẩu (hàng chuyển phát nhanh, bưu chính 10.000 đồng/tờ khai). Lệ phí hàng hóa quá cảnh là 200.000 đồng/tờ khai. Hàng viện trợ, quà biếu trong định mức miễn thuế, hành lý và hàng theo điều ước quốc tế được miễn.
Lệ phí hải quan là gì?
Lệ phí hải quan, theo cách hiểu thông thường, là các khoản phí và lệ phí cơ quan hải quan thu khi làm thủ tục cho hàng hóa, phương tiện xuất nhập cảnh, quá cảnh. Thông tư 86/2025/TT-BTC chia thành hai nhóm:
- Phí hải quan: thu khi làm thủ tục cho hàng xuất nhập khẩu, phương tiện xuất cảnh, nhập cảnh; cấp sổ ATA; kiểm tra, giám sát hàng có dấu hiệu xâm phạm sở hữu trí tuệ.
- Lệ phí: thu đối với hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh.
Đây là khoản riêng, không phải thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hay thuế GTGT hàng nhập khẩu.
Mức thu lệ phí hải quan năm 2026
Mức thu lệ phí hải quan được quy định tại Biểu phí kèm Thông tư 86/2025/TT-BTC:
| Khoản thu | Mức thu |
|---|---|
| Phí hải quan hàng xuất nhập khẩu, phương tiện xuất cảnh, nhập cảnh | 20.000 đồng/tờ khai |
| Phí hải quan hàng gửi qua chuyển phát nhanh, bưu chính | 10.000 đồng/tờ khai |
| Phí kiểm tra, giám sát, tạm dừng thủ tục với hàng có dấu hiệu xâm phạm sở hữu trí tuệ | 200.000 đồng/đơn |
| Phí cấp sổ ATA / cấp sổ thay thế | 1.000.000 / 500.000 đồng/sổ |
| Lệ phí hàng hóa quá cảnh | 200.000 đồng/tờ khai |
| Lệ phí phương tiện quá cảnh đường bộ | 200.000 đồng/phương tiện |
| Lệ phí phương tiện quá cảnh đường thủy | 500.000 đồng/phương tiện |
Chính sách giảm 50% phí, lệ phí theo Thông tư 64/2025/TT-BTC (đến 31/12/2026) chỉ áp dụng cho khoản thuộc danh mục của thông tư đó. Bạn nên đối chiếu số tiền trên thông báo của cơ quan hải quan.
Trường hợp được miễn lệ phí hải quan
Trường hợp được miễn lệ phí hải quan được quy định tại Điều 3 Thông tư 86/2025/TT-BTC, gồm:
- Hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại; quà tặng cho cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị – xã hội, cá nhân trong định mức miễn thuế; quà biếu vì mục đích nhân đạo, từ thiện.
- Đồ dùng của tổ chức, cá nhân nước ngoài theo chế độ ưu đãi, miễn trừ ngoại giao; hành lý mang theo người.
- Hàng hóa mua bán, trao đổi của cư dân biên giới trong định mức miễn thuế.
- Phương tiện vận tải của cư dân biên giới được quản lý theo phương thức mở sổ theo dõi.
- Hàng hóa, phương tiện được miễn theo điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên hoặc theo cam kết của Chính phủ.
Thời hạn nộp lệ phí hải quan
Lệ phí hải quan được nộp khi đăng ký tờ khai hoặc khi đề nghị cấp sổ ATA, kiểm tra hàng xâm phạm sở hữu trí tuệ. Doanh nghiệp mở nhiều tờ khai trong tháng có thể đăng ký nộp theo tháng, chậm nhất ngày thứ 10 của tháng tiếp theo theo danh sách tờ khai cơ quan hải quan thông báo (khoản 2 Điều 5 Thông tư 86/2025/TT-BTC).
Ví dụ minh họa: Tháng 10/2026, Công ty A đăng ký 25 tờ khai nhập khẩu và 15 tờ khai xuất khẩu, đã đăng ký nộp phí theo tháng.
- Số tờ khai: 25 + 15 = 40 tờ khai.
- Phí hải quan: 40 × 20.000 = 800.000 đồng.
- Hạn nộp: chậm nhất ngày 10/11/2026.
Phí hải quan nộp vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách của cơ quan hải quan tại Kho bạc Nhà nước; lệ phí nộp thẳng vào ngân sách. Doanh nghiệp có thể nộp điện tử qua cổng thanh toán của cơ quan hải quan.
Câu hỏi thường gặp về lệ phí hải quan
Phí hải quan có được tính vào chi phí được trừ không?
Có. Phí hải quan có chứng từ nộp tiền hợp lệ là chi phí được trừ khi tính thuế TNDN; xem bài chi phí được trừ khi tính thuế TNDN.
Tờ khai bị hủy có được hoàn phí hải quan không?
Thông tư 86/2025/TT-BTC không quy định riêng trường hợp này. Bạn nên liên hệ chi cục hải quan nơi mở tờ khai để được hướng dẫn.
Phí hải quan có chịu thuế GTGT không?
Không. Phí, lệ phí do cơ quan nhà nước thu thuộc ngân sách, không chịu thuế GTGT.
Nộp đúng lệ phí hải quan để thông quan suôn sẻ
Lệ phí hải quan có mức thu nhỏ nhưng phát sinh thường xuyên. Doanh nghiệp xuất nhập khẩu nên đăng ký nộp theo tháng, đối chiếu danh sách tờ khai và nộp chậm nhất ngày 10 tháng sau để tránh nợ phí.
Liên hệ Luật Dân Việt để được tư vấn
Nếu bạn cần rà soát hồ sơ hoặc muốn Luật Dân Việt thực hiện thủ tục thay, hãy liên hệ để được tư vấn cụ thể theo tình huống của doanh nghiệp:
- Hotline: 0858.111.929
- Email: tuvanluatdanviet@gmail.com
- Văn phòng Hà Nội: 219 Trung Kính, Yên Hoà, Hà Nội; Toà HH2, FLC Garden City, Đại Mỗ, Hà Nội
Căn cứ pháp lý
- Luật Phí và lệ phí số 97/2015/QH13.
- Nghị định số 362/2025/NĐ-CP ngày 31/12/2025 của Chính phủ quy định chi tiết Luật Phí và lệ phí.
- Thông tư số 86/2025/TT-BTC ngày 28/8/2025 của Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh (Điều 3, Điều 5).
- Thông tư số 64/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính về mức thu một số khoản phí, lệ phí.
Thông tin trong bài mang tính tham khảo, được cập nhật theo văn bản pháp luật có hiệu lực tại thời điểm đăng. Quy định có thể thay đổi; vui lòng đối chiếu văn bản gốc hoặc liên hệ luật sư trước khi thực hiện.
